Struktura przestrzenna lasów i zadrzewień na terenie gminy Kotuń jest - z przyrodniczego punktu widzenia - dosyć korzystna. Pomimo, iż na terenie gminy nie występują duże kompleksy leśne o zróżnicowanej strukturze siedliskowej i wiekowej, które stwarzają optymalne warunki egzystencji wielu gatunkom roślin i zwierząt, silne rozdrobnienie lasów i ich równomierne rozmieszczenie są korzystne dla wielu gatunków zarówno leśnych jak ekotonalnych.

Gmina Kotuń położona jest w obrębie wysoczyzny polodowcowej, na terenie mezoregionów Obniżenie Węgrowskie (zachodnia część gminy) i Wysoczyzna Siedlecka (część wschodnia). Rzeźba terenu jest słabo zróżnicowana. Wysokości bezwzględne wahają się od 133 m npm w dolinie Kostrzynia do 176 m npm na wzgórzach morenowych w rejonie wsi Gręzów.